La data di edificazione della Chiesa abbaziale di S. Maria del Carmine in S. Margherita V. M. è incerta a causa delle poche fonti a noi disponibili. Non ci sono dubbi circa la sua antichità come edificio di culto poiché la prima notizia proviene da un documento dell’11 aprile 1582 conservato nell’archivio di Montecassino. Altra certezza è che nel 1581 il sacerdote Iacrussi don Vittorio venne nominato parroco nella medesima parrocchia. La vecchia chiesa consisteva in un solo vano non molto grande con copertura lignea a vista e a canali con tre finestre e tre altari: l’altare maggiore era dedicato a Santa Margherita vergine e martire, sul lato sinistro l’altare della Madonna del Carmine e a destra l’altare dedicato a Sant’Antonio da Padova. Nel XVIII secolo si rese necessaria la demolizione della vecchia Chiesa e la costruzione della nuova. Promotore della riedificazione della chiesa fu il vescovo di Aquino Mons. Giacinto Sardi.
La nuova chiesa viene ricostruita a croce latina, con due navate laterali con annesse sei cappelle e con grande abside per la zona presbiteriale. Due grandi cappelloni sono posti al termine del transetto, uno in “cornu epistolae” e l'altro in “cornu evangeli”. La sua lunghezza risulta di circa 140 palmi e la sua larghezza di circa 70 palmi. La facciata della nuova chiesa presenta tre porte corrispondenti alle tre navate di cui la centrale è la più grande e curata delle altre. La chiesa fu completata nell'anno 1771 e consacrata da Monsignor Giacinto Sardi il 2 dicembre 1776 e se ne stabiliva la celebrazione della sua dedicazione in perpetuo la terza domenica di ottobre; da tale data la nuova chiesa ha funzionato come concattedrale.
Durante l'ultimo conflitto mondiale le forze alleate bombardarono ripetutamente il centro storico danneggiando la struttura della chiesa In seguito a ciò monsignor Fontevecchia diede avvio ai lavori di restauro. Il 7 e l’11 maggio del 1984 il flagello del terremoto colpì nuovamente la zona procurando danni ingenti alla chiesa che fu riaperta al culto circa dieni anni dopo.
La chiesa di Santa Margherita è in stile barocco a croce latina con tre navate, transetto e presbiterio fiancheggiato da robusti pilastri con capitelli fregiati con foglie d'oro che sostengono la cupola emisferica. La navata centrale si presenta con una volta a botte adorno di colonne rivestite di marmo su basi quadrangolari. La visione dell'interno della chiesa ha un rigore di proporzioni che gli stucchi e l'ambiente mettono in risalto. Le trabeazioni, gli archi a tutto sesto, le lesene, le modanature, le volte a botte e a crociera nelle navate laterali
Le volte a botte nella navata centrale e nel coro, le colonne e lunette creano un ritmo di linee attraverso le quali si rendono più palesi i rapporti geometrici degli elementi decorativi.
Ai lati dell'anti porta si trovano due pile di acqua Benedetta e marmo bianco. Sottostanti ai pannelli della via Crucis lungo le pareti laterali sono murate le croci della consacrazione della chiesa. Altre 8 cappelle, di Santa Lucia, San Giuseppe, San Giacomo Apostolo, cappellone dedicato a Sant'Antonio di Padova e ai santissimi apostoli Filippo e Giacomo, Sant'Anna, Santissimi Vito e Rocco, beata Vergine Assunta in cielo, si trovano nel transetto ed altre due accanto al presbiterio dedicate rispettivamente al Santissimo Sacramento e Maria Santissima del Carmine e alla Madonna del Rosario. I quadri all'interno sono quasi tutti del Settecento, raffiguranti temi pietistici-devozionali (Sacra Famiglia, Madonna del Carmine, S. Antonio di Padova, Assunzione di Maria Vergine). La cupola è stata affrescata nel 1991 dal pittore sorano Antonio Notari.
