Le prime notizie della chiesa di San Giovanni a Granaro, in località “Santo Janni” della frazione Castello di Roccasecca, si fanno risalire all'inizio del XIV secolo.
In un elenco delle “rationes decimarum”, ossia le “decime” che le chiese versavano alla curia vescovile di Aquino, risalente al 1308-1310, viene menzionata l'Ecclesia S. Iohannis in Gualdo in territorio Rocce Siccae, tenuta al pagamento annuale di 3 “tareni”.
Un'altra notizia della nostra chiesa la troviamo in un “Cabreo” del 1739, un voluminoso libro manoscritto conservato presso l'archivio del Gran Maestro dell'Ordine di Malta, a Roma, contenente un elenco di beni posseduti dalle chiese di San Giovanni a Gaudo di Pontecorvo, di San Leonardo e Santa Maria di Monte Ospedale di Gaeta e di San Giovanni a Ponte Selce di Fondi, le quali davano vita ad una “commenda gerosolimitana”.
Il corpus patrimoniale di siffatte chiese veniva dato in “commenda” (dal latino “commendare”=affidare) ad un membro dell'Ordine Gerosolimitano, ossia dell'ordine di “San Giovanni di Gerusalemme” o “dell'Ospedale”, così chiamato per le sue originarie finalità assistenziali in Terra Santa.
Dopo travagliate vicende tale ordine si stabilì prima a Rodi e poi a Malta, continuando, anche dopo la conclusione delle Crociate, la lotta contro i Turchi che minacciavano di invadere il continente europeo.
Ancora oggi esiste una branca derivante da tale gloriosa istituzione cavalleresca sotto il nome di “Ordine di Malta”.
Il “commendatario”, cui venivano affidati tali beni, era abilitato a curarne l'amministrazione, della quale doveva rendere conto non alla curia vescovile competente per territorio bensì all'ordine gerosolimitano.
Tra i cospicui possedimenti che tale “commenda” aveva a Roccasecca, c'era anche la chiesetta del borgo Castello chiamata “San Giovanni a Granaro”, con la specificazione della collocazione geografica della stessa (Col Granaro).
Nel “Cabreo” c'è una minuziosa descrizione dell'edificio sacro, una planimetria della chiesa e un'elencazione dettagliata dei beni di pertinenza.
Ai primi dell'Ottocento Pasquale Cayro, soffermandosi su Roccasecca e descrivendo le sue chiese, inserisce anche “San Giovanni, chiesetta che si appartiene all'ordine gerosolimitano a piè del castello, interdetta”, confermando il particolare status della stessa.
Un'ultima notizia, infine, risale all'anno 1854: in una “nota spese” rinvenuta nell'archivio parrocchiale della chiesa Collegiata della Santissima Annunziata del Castello, si legge che in quell'anno furono eseguiti importanti lavori di ristrutturazione nella chiesetta di “San Giovanni a Gaudo”.
